Rを使って順位相関係数を計算する

順位相関係数といえばSpeamanさんとKendallさんが有名．順位相関はいろんなところで使うので，Cで練習がてらに書いてみた．

けれど同順位がある場合，実装が少しややこしい．ぱっと実装できなかったので，諦めてRのcor関数を使うことにした．出力を他のプログラムで使いやすいように，相関係数だけを標準出力に出してくれることにこだわってみた．

フォーマットはなんでもいいのだけれど，とりあえず行がi番目の要素に対応し，その値がi番目の値を表すとする．（順位ではない）．

# data1.dat
1
2
3
4
5

# data2.dat
1
2
3
5
4

これらを入力として順位相関を計算する．

$ ./rankcor.sh data1.dat data2.dat
0.9
0.8

1行目がSpearman，2行目がKendallの順位相関係数．

つくったスクリプトはこんな感じ．ラッパーもへったくれもない．おいおいこんなんありかよ，という無理やりさ．

#!/bin/sh

TMP_FILE="./__calc_rank_cor.tmp"

if [ $# -lt 2 ]; then
   echo $0" <input file1> <input file2>"
   exit 1
fi

INPUT1=$1
INPUT2=$2

echo "x <- read.table(\"${INPUT1}\")" > $TMP_FILE
echo "y <- read.table(\"${INPUT2}\")" >> $TMP_FILE
echo "cor(rank(t(x[1])), rank(t(y[1])), method=\"s\")" >> $TMP_FILE
echo "cor(rank(t(x[1])), rank(t(y[1])), method=\"k\")" >> $TMP_FILE

R --vanilla --slave < $TMP_FILE | cut -d" " -f2

rm $TMP_FILE

動くからいいや．
ちなみにcor.test()関数で検定もしてくれる．